五十年代早期，香港百廢待興，失業者眾。社會資源不足，學校缺乏，失學兒童，遍佈街頭，尤以港島西區為甚。是時，聖公會何明華會督，悲天憫人，籌集經費，救助失學，擘劃艱辛，遂向香港政府申請撥地，使聖公會能在西區建校辦學；蒙主榮寵，幸得呂明才基金會撥款襄助，遂於現址創辦一所特為港島西環摩星嶺木屋區及鄰近貧民子弟而設之小學，茲因是呂明才基金會捐獻的第一所小學，故以「聖公會呂明才紀念小學」命名。
呂明才先生，平生篤信基督。其哲嗣秉承呂先生教訓，愛主愛人，創設呂明才基金，以宣揚福音及發展教育。呂氏家族，數代為虔誠浸信會教友，於五十年代，並未為當時狹窄的教派思想所影響，慨然接納何明華會督及施玉麒牧師的邀請，從呂明才基金，撥款參與聖公會在西環辦學的計劃，可說是「教會合一」運動，在五十年代的空谷足音，也是基督徒實踐基督「彼此相愛」教誨的明確見證。
本校是聖公宗（香港）小學監理委員會轄下屬校之一所全日制政府津貼小學，位於香港堅尼地城加惠民道31號，依山面海，清靜幽美。校舍於1960年初竣工落成，樓高七層，學校屬自建校舍，一至五樓為課室，六樓為聖公會聖路加堂。學校開幕暨聖路加堂奉獻禮，同於1960年3月12日舉行，恭請何明華會督主持聖堂奉獻，香港匯豐銀行總經理端納博士（The Hon Michael William Turner C.B.E., M.A., LL.D., J.P.）主持學校揭幕。是日嘉賓咸集，駟馬盈門，極一時之盛。本校於1960年3月1日正式開課，上、下午校共開設四十二班，一至四年級學生共有一千八百五十多人。至同年九月新學期始，續擴班招生，增設五、六年級，共開設四十八班，學生人數已達二千一百三十名之眾。現今學校已全面實施全日制，合共二十四班，學生總人數約六百三十人，仍是中西區學生人數及班數最多學校之一。
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 1960 - 1975 | 楊乃舜先生（首任校監） |
| 1975 - 1987 | 周近智律師（正區監）和鄭志仁醫生（副區監） |
| 1987 - 2000 | 李賜源先生 |
| 2000 - 2002 | 周何翠珍女士 |
| 2002 - 2006 | 戴德正先生 |
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 2006 - 現在 | 呂兆衛先生 |
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 1960 - 1965 | 劉堅持牧師 |
| 1965 - 1967 | 朱哲文牧師 |
| 1967 - 1997 | 李嘯天先生 |
| 1997 - 2005 | 謝振強先生 |
| 2005 - 2009 | 楊楚傑先生 |
| 2009 - 2011 | 朱偉基先生 |
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 1960 - 1967 | 張耀德先生 |
| 1967 - 1970 | 張國光先生 |
| 1970 - 1981 | 鮑淑馨女士 |
| 1982 - 1984 | 曾金發先生 |
| 1984 - 1989 | 區仕巧女士 |
| 1989 - 1993 | 陳榮熾先生 |
| 1993 - 2000 | 林婉儀女士 |
| 2000 - 2003 | 李穗芳女士 |
| 2003 - 2005 | 楊楚傑先生 |
| 2005 - 2006 | 賴潔明女士 |
| 2006 - 2008 | 王彩娣女士 |
| 2008 - 2011 | 紀妙玲女士 |
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 2011 - 2014 | 朱偉基先生 |
| 2014 - 2024 | 黃秀雯女士 |
| 任期 | 姓名 |
|---|---|
| 2024 - 現在 | 李燕芬女士 |